Bioinformatik Datenkenntnisse

Kapitel 3. Remedial Unix Shell

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Die Unix-Shell ist die grundlegende Computerumgebung für die Bioinformatik. Die Shell dient uns als Schnittstelle zu großen Bioinformatikprogrammen, als interaktive Konsole zur Überprüfung von Daten und Zwischenergebnissen und als Infrastruktur für unsere Pipelines und Arbeitsabläufe. Dieses Kapitel hilft dir, die notwendigen Unix-Shell-Konzepte zu beherrschen, die im Rest des Buches ausführlich behandelt werden. So kannst du dich in den folgenden Kapiteln auf den Inhalt der Befehle konzentrieren, anstatt dich mit dem Verständnis der Shell-Syntax zu beschäftigen.

In diesem Buch wird davon ausgegangen, dass du mit grundlegenden Themen vertraut bist, z. B. was ein Terminal ist, was die Shell ist, die Hierarchie des Unix-Dateisystems, das Verschieben von Verzeichnissen, Dateirechte, das Ausführen von Befehlen und die Arbeit mit einem Texteditor. Wenn dir diese Themen fremd sind, ist es am besten, wenn du dich mit grundlegendem Material versorgst (unter "Annahmen in diesem Buch" findest du einige Ressourcen). In diesem Kapitel behandeln wir die grundlegenden Konzepte für die Verwendung der Shell in der Bioinformatik: Streams, Umleitungen, Pipes, die Arbeit mit laufenden Programmen und die Befehlssubstitution. Das Verständnis dieser Shell-Themen bereitet dich darauf vor, die Shell für die Arbeit mit Daten(Kapitel 7) und ...