Kapitel 5. Git für Wissenschaftler
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In Kapitel 2 haben wir die Organisation eines Bioinformatik-Projektverzeichnisses besprochen und wie dies dazu beiträgt, deine Arbeit während der Entwicklung ordentlich zu halten. Eine gute Organisation erleichtert auch die Automatisierung von Aufgaben, was uns das Leben leichter macht und zu einer besseren Reproduzierbarkeit unserer Arbeit führt. Da sich unser Projekt jedoch im Laufe der Zeit verändert und möglicherweise die Arbeit unserer Mitarbeiter/innen mit einbezieht, stehen wir vor einer zusätzlichen Herausforderung: der Verwaltung verschiedener Dateiversionen.
Wahrscheinlich verwendest du bereits eine Art Versionssystem für deine Arbeit. Du hast zum Beispiel Dateien mit Namen wie thesis-vers1.docx,thesis-vers3_CD_edits.docx, analysis-vers6.R undthesis-vers8_CD+GM+SW_edits.docx. Die Speicherung dieser früheren Versionen ist hilfreich, weil wir so bei Bedarf ganze Dateien oder Abschnitte wiederherstellen können. Dateiversionen helfen uns auch dabei, unsere Kopien einer Datei von denen zu unterscheiden, die von einem Kollegen bearbeitet wurden. Dieses Ad-hoc-Dateiversionssystem eignet sich jedoch nicht für komplizierte Bioinformatik-Projekte - unsere sonst so aufgeräumten Projektverzeichnisse würden durch unterschiedlich versionierte Skripte, R-Analysen, README-Dateien und Papiere durcheinander gebracht werden. ...
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