Dominar Python para Bioinformática

Capítulo 3. Complemento inverso del ADN: Manipulación de cadenas

Este trabajo se ha traducido utilizando IA. Agradecemos tus opiniones y comentarios: [e-mail]

El reto REVC de Rosalind explica que las bases del ADN forman pares de A-T y G-C. Además, el ADN tiene direccionalidad y normalmente se lee desde el extremo 5'(extremo de cinco primos) hacia el extremo 3'(extremo de tres primos).Como se muestra en la Figura 3-1, el complemento de la cadena de ADN AAAACCCGGT es TTTTGGGCCA.A continuación, invierto esta cadena (leyendo desde el extremo 3') para obtener ACCGGGTTTT como complemento inverso.

Figura 3-1. El complemento inverso del ADN es el complemento leído desde la dirección opuesta

Aunque puedes encontrar muchas herramientas existentes para generar el complemento inverso del ADN -y dejaré caer una alerta de spoiler de que la solución final utilizará una función de la biblioteca Biopython- el objetivo de escribir nuestro propio algoritmo es explorar Python. En este capítulo aprenderás:

• Cómo implementar un árbol de decisión utilizando un diccionario como tabla de consulta

• Cómo generar dinámicamente una lista o una cadena

• Cómo utilizar la función reversed(), que es un ejemplo de iterador

• Cómo Python trata las cadenas y las listas de forma similar

• Cómo utilizar una comprensión de lista para generar una lista

• Cómo utilizar str.maketrans() y str.translate() ...