Dominar Python para Bioinformática

Capítulo 7. Traducir el ARNm en proteína: Más programación funcional

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Según el Dogma Central de la biología molecular, el ADN produce ARNm y el ARNm produce proteínas. En el Capítulo 2, mostré cómo transcribir el ADN a ARNm, así que ahora ha llegado el momento de traducir el ARNm a secuencias de proteínas. Como se describe en la página Rosalind PROT, ahora necesito escribir un programa que acepte una cadena de ARNm y produzca una secuencia de aminoácidos. Mostraré varias soluciones utilizando listas, bucles for, comprensiones de listas, diccionarios y funciones de orden superior, pero confieso que terminaré con una función Biopython. Aun así, será muy divertido.

Principalmente voy a centrarme en cómo escribir, probar y componer pequeñas funciones para crear soluciones. Aprenderás:

• Cómo extraer codones/k-mers de una secuencia utilizando trozos de cadena

• Cómo utilizar un diccionario como tabla de consulta

• Cómo traducir un bucle for en una comprensión de lista y una expresión map()

• Cómo utilizar las funciones takewhile() y partial()

• Cómo utilizar el módulo Bio.Seq para traducir el ARNm en proteínas

Cómo empezar

Necesitarás trabajar en el directorio 07_prot para este ejercicio. Te recomiendo que empieces copiando la primera solución en prot.py y pidiendo que la utilicen:

$ cp solution1_for.py prot.py $ ./prot.py -h usage: prot.py [-h] RNA Translate RNA ...