Genómica en la nube

Índice

Símbolos

• ¡! (signo de exclamación) que precede a los comandos en Jupyter Notebook, Uso de gsutil para interactuar con Google Cloud Storage Buckets, Ejecución de un comando básico de GATK: HaplotypeCaller
• "" (comillas dobles) encerrando cadenas, Generar el JSON de entrada
• # (signo de almohadilla) en el indicador del terminal, Configuración de Docker e invocación de prueba, Ejecución de HaplotypeCaller y examen de la salida
• $ (signo de dólar)
  • variables precedentes, Ejecutar HaplotypeCaller y examinar la salida, Añadir una variable y proporcionar entradas mediante JSON
  • VM prompt ending in, Logging in to the Cloud Shell VM, Running HaplotypeCaller and examining the output
• Operador && (AND lógico) en los comandos de filtrado de GATK, Aplicación de filtros duros a los SNP e indels de la línea germinal
• Operador de concatenación + (signo más) en Python, Añadir datos al navegador IGV
• == (operador de igualdad), ¿Cómo se establece la lógica condicional?
• ?(signo de interrogación) que indica variable opcional, ¿Podemos utilizar condicionales para gestionar los ajustes por defecto?
• [] (corchetes), encerrando los valores de la matriz, Generar el JSON de las entradas
• \(barra invertida), Terminar líneas en comandos multilínea, Ejecutar un comando GATK real
• {} (llaves)
  • encerrar bloques de código en WDL, Aprender la sintaxis básica de WDL mediante un ejemplo minimalista
  • Encerrar una variable Python en Jupyter Notebook, Configurar una variable que apunte a los datos de la línea germinal en el cubo del libro ...