Capítulo 5. Git para científicos
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En el Capítulo 2, hablamos de cómo organizar el directorio de un proyecto bioinformático y de cómo esto ayuda a mantener tu trabajo ordenado durante el desarrollo. Una buena organización también facilita la automatización de tareas, lo que nos hace la vida más fácil y conduce a un trabajo más reproducible. Sin embargo, como nuestro proyecto cambia con el tiempo y posiblemente incorpora el trabajo de nuestros colaboradores, nos enfrentamos a un reto adicional: gestionar las distintas versiones de los archivos.
Es probable que ya utilices algún tipo de sistema de versiones en tu trabajo. Por ejemplo, puede que tengas archivos con nombres como tesis-vers1.docx,tesis-vers3_CD_ediciones.docx, análisis-vers6.R ytesis-vers8_CD+GM+SW_ediciones.docx. Almacenar estas versiones anteriores es útil porque nos permite volver atrás y restaurar archivos enteros o secciones si lo necesitamos. Las versiones de archivo también nos ayudan a diferenciar nuestras copias de un archivo de las editadas por un colaborador. Sin embargo, este sistema ad hoc de versionado de archivos no se adapta bien a proyectos bioinformáticos complicados: nuestros directorios de proyecto, por lo demás ordenados, se verían desordenados con diferentes versiones de scripts, análisis en R, archivos README y documentos.
La organización de proyectos sólo se complica cuando trabajamos ...
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