Pythonではじめるバイオインフォマティクス ―可読性・拡張性・再現性のあるコードを書くために

3章

DNAの逆相補鎖配列への変換：文字列の操作

　Rosalind REVCチャレンジ（https://oreil.ly/ot4z6）では、DNAの塩基はA-TとG-Cのペアを形成していると説明されています。また、DNAには方向性があり、通常は5’末端（5プライムエンド）から3’末端（3プライムエンド）に向かって読みます。DNAの逆相補配列とは、逆方向（3’末端から5’末端方向）から読んだ相補配列のことです。例えば、図3-1で示すようにDNA塩基配列AAAACCCGGTの相補配列はTTTTGGGCCAです。この配列を逆にして（3’末端から5’末端方向に読んで）、得られる配列ACCGGGTTTTがAAAACCCGGTの逆相補配列です。

図3-1　DNAの逆相補配列とは、逆方向（3’末端から5’末端方向）から読んだ相補配列のことである

　DNAの逆相補配列を得るための方法はたくさんあります。最終的にはBiopythonライブラリの関数を使用しますが、Pythonをより理解するために、独自のアルゴリズムも考えてみましょう。

　この章では以下のことを学びます。

• 辞書の検索機能を用いて決定木（決定の分岐条件）を実装
• リストや文字列を動的に生成
• イテレータの一例であるreversed()関数の使い方
• Pythonでの文字列とリストの扱い方
• リスト内包表記
• str.maketrans()とstr.translate()を使った文字列変換
• BiopythonのBio.Seqモジュールの使い方 ...