Dominar Python para Bioinformática

Capítulo 2. Transcribir el ADN en ARNm: Mutar cadenas, leer y escribir archivos

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Para expresar las proteínas necesarias para mantener la vida, las regiones de ADN deben transcribirse en una forma de ARN llamada ARN mensajero (ARNm). Aunque existen muchas diferencias bioquímicas fascinantes entre el ADN y el ARN, para nuestros fines la única diferencia es que todos los caracteres T que representan la base timina en una secuencia de ADN deben cambiarse por la letra U, de uracilo. Como se describe en la página del ARN Rosalind, el programa que te mostraré cómo escribir aceptará una cadena de ADN como ACGT e imprimirá el ARNm transcrito ACGU. Puedo utilizar la función str.replace() de Python para lograr esto en una sola línea:

>>> 'GATGGAACTTGACTACGTAAATT'.replace('T', 'U')
'GAUGGAACUUGACUACGUAAAUU'

Ya has visto en el Capítulo 1 cómo escribir un programa que acepte una secuencia de ADN de la línea de comandos o de un archivo e imprima un resultado, así que no aprenderás mucho si vuelves a hacerlo. Haré este programa más interesante abordando un patrón muy común en bioinformática, a saber, mostraré cómo procesar uno o más archivos de entrada y colocar los resultados en un directorio de salida. Por ejemplo, es bastante habitual recibir los resultados de una secuenciación como un directorio de archivos que deben someterse a un control de calidad y filtrarse, y las secuencias ...