Genomik in der Cloud

Kapitel 3. Grundlagen der Rechentechnik für Biowissenschaftler

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In einer idealen Welt müsstest du dir keine Gedanken über die Computerinfrastruktur machen, wenn du deine Forschung betreibst. In späteren Kapiteln stellen wir dir sogar Systeme vor, die speziell dafür entwickelt wurden, um die Feinheiten der Computerinfrastruktur zu umgehen, damit du dich auf deine Wissenschaft konzentrieren kannst. Du wirst jedoch feststellen, dass eine gewisse Menge an Terminologie und Konzepten in der realen Welt unvermeidbar ist. Wenn du ein wenig Mühe investierst, um sie zu lernen, kannst du deine Arbeit effizienter planen und durchführen, Leistungsprobleme lösen und mit weniger Aufwand größere Ergebnisse erzielen. In diesem Kapitel gehen wir auf die wesentlichen Komponenten der gängigsten Arten von Computerinfrastrukturen ein und erörtern, wie ihre Stärken und Grenzen unsere Strategien für eine effiziente Arbeit im großen Maßstab beeinflussen. Wir gehen auch auf Schlüsselkonzepte wie paralleles Rechnen und Pipelining ein, die in der Genomik aufgrund der Notwendigkeit von Automatisierung und Reproduzierbarkeit unerlässlich sind. Schließlich stellen wir die Virtualisierung vor und erläutern die Vorteile einer Cloud-Infrastruktur.

Die ersten Abschnitte dieses Kapitels richten sich an Leser, die keine oder nur eine geringe Ausbildung in Informatik, Programmierung ...