Genomik in der Cloud

Kapitel 11. Viele Workflows bequem in Terra ausführen

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In Kapitel 10 haben wir dir einen ersten Vorgeschmack auf die Leistungsfähigkeit der Kombination aus Cromwell und Pipelines API gegeben. Du hast gelernt, wie du einzelne Workflows sowohl direkt über Cromwell als auch indirekt über den WDL-Runner-Wrapper an PAPI senden kannst. Mit beiden Ansätzen konntest du schnell beliebige Mengen an Rechenressourcen in der Cloud bereitstellen, ohne sie direkt verwalten zu müssen - das ist wahrscheinlich die wichtigste Lektion, die du aus diesem Buch mitnehmen kannst. Wie wir bereits besprochen haben, leiden beide Ansätze jedoch unter Einschränkungen, die dich daran hindern, die wirklich große Skalierbarkeit zu erreichen, die die Cloud zu bieten hat.

In diesem Kapitel zeigen wir dir, wie du einen voll ausgestatteten Cromwell-Server in Terra, einer cloudbasierten Plattform des Broad Institute, nutzen kannst. Zunächst stellen wir dir die Plattform vor und führen dich durch die Grundlagen der Ausführung von Workflows in Terra. Dabei hast du die Möglichkeit, mit der Caching-Funktion zu experimentieren, die es dem Cromwell-Server ermöglicht, fehlgeschlagene oder unterbrochene Workflows an der Stelle fortzusetzen, an der sie ausgefallen sind. Mit dieser Erfahrung im Gepäck kannst du schließlich eine vollständige GATK-Pipeline mit bewährten Methoden an einem ganzen ...