Genomik in der Cloud

Kapitel 12. Interaktive Analyse in Jupyter Notebook

Diese Arbeit wurde mithilfe von KI übersetzt. Wir freuen uns über dein Feedback und deine Kommentare: [e-mail]

Mit diesem Kapitel vervollständigen wir die Erfahrung der Arbeit in der Cloud. Wir haben in Kapitel 4 damit begonnen, einzelne Befehle in einer Shell auszuführen, und uns in den Kapiteln 5 bis 7 mit den GATK-Werkzeugen vertraut gemacht. In Kapitel 8 hast du dann geskriptete Arbeitsabläufe kennengelernt und in den folgenden Kapiteln immer bessere Möglichkeiten entdeckt, sie auszuführen.

Doch jetzt kommen wir wieder auf die unausweichliche Tatsache zurück, dass nicht alles in der Genomik in einem geskripteten Arbeitsablauf erledigt werden kann (oder sollte). Manchmal möchtest du einfach nur direkt mit den Daten interagieren, vielleicht ein paar Diagramme erstellen und dann anhand der Diagramme entscheiden, was dein nächster Schritt sein soll. Vielleicht befindest du dich in einer frühen Erkundungsphase deines Projekts, steckst auf halbem Weg fest, weil einige Proben fehlgeschlagen sind, oder du willst die Genetik einer Gruppe von Menschen untersuchen. In jedem Fall musst du in der Lage sein, Ideen schnell auszuprobieren, die Ergebnisse jedes Versuchs zu verfolgen und deine Arbeit mit anderen zu teilen.

In diesem Kapitel zeigen wir dir, wie du Jupyter Notebook in Terra verwenden kannst, um diese Ziele zu erreichen. Wir beginnen mit einer kurzen Einführung in Jupyter, falls du mit dem Konzept und den ...