October 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 48m
German
Content preview from Python für die Bioinformatik beherrschen
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O’Reilly covers everything we've got, with content to help us build a world-class technology community, upgrade the capabilities and competencies of our teams, and improve overall team performance as well as their engagement.I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.
Kapitel 10. Die längste gemeinsame Teilfolge finden: K-mers finden, Funktionen schreiben und binäre Suche verwenden
Diese Arbeit wurde mithilfe von KI übersetzt. Wir freuen uns über dein Feedback und deine Kommentare: translation-feedback@oreilly.com
Wie in der LCSM-Aufgabe von Rosalind beschrieben, besteht das Ziel dieser Übung darin, die längste Teilsequenz zu finden, die von allen Sequenzen in einer bestimmten FASTA-Datei geteilt wird. In Kapitel 8 habe ich nach einem bestimmten Motiv in einigen Sequenzen gesucht. Bei dieser Aufgabe weiß ich nicht von vornherein, dass es ein gemeinsames Motiv gibt - geschweige denn, wie groß es ist oder wie es sich zusammensetzt - also suche ich einfach nach einer beliebig langen Sequenz, die in allen Sequenzen vorkommt. Dies ist eine herausfordernde Aufgabe, die viele Ideen aus früheren Kapiteln zusammenführt. Ich werde die Lösungen nutzen, um Algorithmusdesign, Funktionen, Tests und Codeorganisation zu untersuchen.
Du wirst lernen:
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Wie man k-mers verwendet, um gemeinsame Teilsequenzen zu finden
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Wie man
itertools.chain()verwendet, um Listen von Listen zu verketten -
Wie und warum man eine binäre Suche verwendet
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Eine Möglichkeit, eine Funktion zu maximieren
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So verwenden Sie die Option
keymitmin()undmax()
Erste Schritte
Der gesamte Code und die Tests für diese Herausforderung befinden sich im Verzeichnis 10_lcsm.Beginne damit, die erste Lösung in das Programm lcsm.py zu kopieren und frage nach Hilfe:
$ cp solution1_kmers_imperative.py ...
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I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.Addison B.
I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.Amir M.
I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.