Python für die Bioinformatik beherrschen

Kapitel 13. Standorteinschränkungen: Code verwenden, testen und weitergeben

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Eine palindromische Sequenz in der DNA ist eine Sequenz, bei der die 5'- zu 3'-Basenpaar-Sequenz auf beiden Strängen identisch ist. Abbildung 13-1 zeigt zum Beispiel, dass das umgekehrte Komplement der DNA-Sequenz GCATGC die Sequenz selbst ist.

Abbildung 13-1. Ein umgekehrtes Palindrom ist gleich seinem umgekehrten Komplement

Ich kann das im Code nachprüfen:

>>> from Bio import Seq
>>> seq = 'GCATGC'
>>> Seq.reverse_complement(seq) == seq
True

Wie in der Rosalind REVP Challenge beschrieben, erkennen und schneiden Restriktionsenzyme innerhalb bestimmter palindromischer Sequenzen der DNA, die als Restriktionsstellen bekannt sind. Sie haben typischerweise eine Länge zwischen 4 und 12 Nukleotiden. Das Ziel dieser Übung ist es, die Stellen in einer DNA-Sequenz zu finden, an denen jedes mutmaßliche Restriktionsenzym zu finden ist. Der Code zur Lösung dieses Problems könnte sehr kompliziert sein, aber ein klares Verständnis einiger funktionaler Programmiertechniken hilft, eine kurze, elegante Lösung zu erstellen. Ich werde map(), zip() und enumerate() sowie viele kleine, getestete Funktionen untersuchen.

Du wirst lernen:

• Wie man ein umgekehrtes Palindrom findet

• Wie man Module ...