October 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 48m
German
Content preview from Python für die Bioinformatik beherrschen
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Kapitel 19. Blastomatic: Parsen von Textdateien mit Trennzeichen
Diese Arbeit wurde mithilfe von KI übersetzt. Wir freuen uns über dein Feedback und deine Kommentare: translation-feedback@oreilly.com
Begrenzte Textdateien sind eine Standardmethode, um spaltenweise Daten zu kodieren. Du kennst wahrscheinlich Tabellenkalkulationen wie Microsoft Excel oder Google Sheets, bei denen jedes Arbeitsblatt einen Datensatz mit Spalten oben und Datensätzen unten enthält. Du kannst diese Daten in eine Textdatei exportieren, in der die Datenspalten durch ein Zeichen getrennt sind. Oft ist das Trennzeichen ein Komma und die Datei hat die Erweiterung .csv. Dieses Format wird CSV genannt, für comma-separated values.
Wenn das Trennzeichen ein Tabulator ist, kann die Erweiterung .tab, .txt oder .tsv für tabulatorgetrennte Werte lauten. Die erste Zeile der Datei enthält normalerweise die Namen der Spalten.
Dies gilt jedoch nicht für die tabellarische Ausgabe von BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), einem der beliebtesten Tools in der Bioinformatik, das zum Vergleich von Sequenzen verwendet wird. In diesem Kapitel zeige ich dir, wie du diese Ausgabe analysieren und die BLAST-Ergebnisse mit Metadaten aus einer anderen begrenzten Textdatei mithilfe der Module csv und pandas zusammenführen kannst.
In dieser Übung wirst du lernen:
-
Wie man
csvkitundcsvchkverwendet, um begrenzte Textdateien anzuzeigen -
Wie man die Module
csvundpandaszum Parsen von Textdateien mit Trennzeichen verwendet
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I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.Addison B.
I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.Amir M.
I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.