Pythonではじめるバイオインフォマティクス ―可読性・拡張性・再現性のあるコードを書くために

12章

タンパク質からmRNAを推定：リストの積と圧縮

　Rosalind mRNAチャレンジ（https://oreil.ly/ZYelo）で説明されているように、このプログラムの目的は、与えられたタンパク質の配列を作り出すことができるmRNAの文字列の数を見つけることです。この数は非常に大きくなる可能性があり、最終的な答えは、ある値で割った後の余りになることがわかると思います。今回は、特定のパターンにマッチするすべての文字列を生成することで、正規表現の常識を覆すことができることを示したいと思います。また、数値やリストの積を作成する方法や、任意の値のリストを単一の値に圧縮する方法も紹介し、その過程で問題となるメモリの取り扱いについても触れます。

　この章では、以下のことを学びます。

• functools.reduce()関数を使って、数値を乗算するための関数を作る方法
• Pythonの剰余演算子（%）の使い方
• バッファオーバーフロー問題について
• モノイドとは何か
• 辞書の値からキーを逆引きする方法

12.1　はじめましょう

　レポジトリの12_mrnaディレクトリで作業してください。まず、solution1_dict.pyをmrna.pyにコピーします。

$ cd 12_mrna/$ cp solution1_dict.py mrna.py

　いつも通り、使用方法について見ていきます。

$ ./mrna.py -husage: mrna.py [-h] [-m int] proteinInferring mRNA from Proteinpositional arguments:  protein               Input protein or file ❶optional arguments: ...