R Programming for Bioinformatics

Contents

1 Introducing R 1

1.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

1.2 Motivation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

1.3 A note on the text . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

1.4 Acknowledgments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

2 R Language Fundamentals 5

2.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

2.1.1 A brief introduction to R . . . . . . . . . . . . . . . . 5

2.1.2 Attributes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

2.1.3 A very brief introduction to OOP in R . . . . . . . . . 7

2.1.4 Some special values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8

2.1.5 Types of objects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

2.1.6 Sequence generating and vector subsetting . . . . . . . 11

2.1.7 Types of functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

2.2 Data structures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

2.2.1 Atomic vectors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

2.2.2 Numerical computing . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

2.2.3 Factors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

2.2.4 Lists, environments and data frames . . . . . . . . . . 18

2.3 Managing your R session . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

2.3.1 Finding out more about an object . . . . . . . . . . . 24

2.4 Language basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

2.4.1 Op erators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26

2.5 Subscripting and subsetting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28

2.5.1 Vector and matrix subsetting . . . . . . . . . . . . . . 29

2.6 Vectorized computations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

2.6.1 The recycling rule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

2.7 Replacement functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38

2.8 Functional programming . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39

2.9 Writing functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

2.10 Flow control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

2.10.1 Conditionals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

2.11 Exception handling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

2.12 Evaluation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

2.12.1 Standard evaluation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

2.12.2 Non-standard evaluation . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

vii