バイオインフォマティクスデータスキル ―オープンソースツールを使ったロバストで再現性のある研究

付録A用語集

AND

ANDは、プログラミング言語で一般的に使用される論理演算子（論理積）である。x AND yの値がtrue（真）になるのは、xとyの両方がtrueの場合に限られる。Pythonでは論理積演算子はandと記述するが、Rでは&&（ベクトル全体に対する論理積の場合）または&（要素ごとの論理積の場合）のいずれかである。

API（Application Programming Interface：アプリケーションプログラミングインターフェイス）

アプリケーションプログラミングインターフェイス（API）は、データベースやファイル形式（SAM/BAMファイルなど）などに対応したソフトウェアコンポーネントを使うためのインターフェイスである。多くの場合APIは、ソフトウェアプロジェクトに取り込んで利用できるモジュールまたはライブラリである。APIを使うことで、低レベルの詳細を扱えるルーチンセットを自分で作成しなくてもよくなる。

ASCII（American Standard Code for Information Interchange：情報交換用米国標準符号）

「アスキー」と読む。128種の異なる文字をエンコードするための文字エンコード形式。ASCII文字は7ビットを使い、通常はメモリの1バイトに格納される（1バイトは8ビット）。英語で使用される一般的な文字と区切り文字に加えて、ASCIIスキームは33の非印刷文字（制御文字）もサポートしている。詳細はman asciiを参照。

BEDTools

BED、GFF、VCF、BAM形式のゲノム範囲データを操作するためのソフトウェアをまとめたコマンドラインツール。

Binary Call ...