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9가지 사례로 익히는 고급 스파크 분석 (2판)
val chr = BinaryColumn("contigName")
val start = LongColumn("start")
val end = LongColumn("end")
val cftrLocusPredicate = (
chr === "7" && start <= 117149189 && end >= 117149189) ➊
➊ DSL에 대한 상세한 내용은 문서를 찾아보자. == 대신 ===를 사용한 부분에 주의하자.
파케이에서 제공하는 기능을 사용하고 있으므로 파케이 리더를 사용하여 데이터를 읽어 들여
야 한다.
val readsRDD = sc.loadParquetAlignments(
"/user/ds/genomics/reads/HG00103",
Some(cftrLocusPredicate))
이제 더 이상
AlignmentRecord
의 객체 모두를 구체화하지 않으므로 더 빨리 실행될 것이다.
10.3
ENCODE
데이터로부터 전사인자 결합 부위 예측하기
이번 예제에서는 공개된 염기서열 특징 데이터를 사용하여 간단한 전사인자 결합 모델을 만들
것이다. 전사인자는 유전체의 특정
DNA
염기서열 위치에 결합하여 여러 가지 유전자의 형태
로 발현하도록 하는 단백질이다. 그래서 특정 세포의 표현형을 결정하는 데 결정적인 ...