Dominar Python para Bioinformática

Capítulo 8. Encuentra un motivo en el ADN: Explorando la similitud de secuencias

Este trabajo se ha traducido utilizando IA. Agradecemos tus opiniones y comentarios: [e-mail]

En el reto SUBS de Rosalind, buscaré cualquier aparición de una secuencia dentro de otra. Una subsecuencia compartida podría representar un elemento conservado, como un marcador, un gen o una secuencia reguladora. Las secuencias conservadas entre dos organismos podrían sugerir algún rasgo heredado o convergente. Exploraré cómo escribir una solución utilizando la clase str (cadena) en Python y compararé las cadenas con las listas. Luego exploraré cómo expresar estas ideas utilizando funciones de orden superior y continuaré la discusión sobre los k-mers que inicié en el Capítulo 7. Por último, mostraré cómo las expresiones regulares pueden encontrar patrones y señalaré los problemas con las coincidencias solapadas.

En este capítulo te lo demostraré:

• Cómo utilizar str.find(), str.index(), y los cortes de cadena

• Cómo utilizar conjuntos para crear colecciones únicas de elementos

• Cómo combinar funciones de orden superior

• Cómo encontrar subsecuencias utilizando k-mers

• Cómo encontrar secuencias posiblemente solapadas utilizando expresiones regulares

Cómo empezar

El código y las pruebas de este capítulo están en 08_subs.Te sugiero que empieces copiando la primera solución en el programa subs.py y pidas ayuda:

$ cd 08_subs/ $ cp solution1_str_find.py subs.py $ ./subs.py -h usage: ...