Pythonではじめるバイオインフォマティクス ―可読性・拡張性・再現性のあるコードを書くために

13章

制限部位：使い方、テスト、コードの共有

　DNA上の回文配列とは、5’から3’の塩基対の配列が両鎖で同一であるものを指します。例えば、図13-1は、DNA配列GCATGCの逆相補が配列そのものであることを示しています。

図13-1　回文配列はその逆相補配列と同一である

　これを確認するコードは以下になります。

>>> from Bio import Seq>>> seq = 'GCATGC'>>> Seq.reverse_complement(seq) == seqTrue

　Rosalind REVPチャレンジ（https://oreil.ly/w3Tdm）に記載の通り、制限酵素は制限部位と呼ばれるDNAの特定の回文配列を認識し切断します。制限酵素の長さは通常4から12ヌクレオチドです。本演習の目標はすべての推定された制限酵素のDNA配列中の位置を見つけることです。本課題を解決するためのコードは非常に複雑になりがちです。しかし、関数型プログラミングのテクニックを理解することで、簡潔でエレガントな解法を導き出せます。ここでは、map()、zip()、enumerate()や、多くの関数について説明していきます。

　この章では、以下のことを学びます。

• 回文配列の見つけ方
• 共通した機能を共有するためのモジュールの作成方法
• 環境変数PYTHONPATHについて

13.1　はじめましょう

　本演習のコードとテストは13_revpディレクトリにあります。解法をプログラム