Laden von Intensitätsdaten
Ich demonstriere als Erstes, wie man Chip-Rohdaten (Intensitätsdaten) in R lädt. Die Intensitätsdaten liegen in CEL-Dateien, wie sie von der Affymetrix-Scannersoftware produziert werden. Falls Sie diesen Schritt selbst nachvollziehen möchten, die Downloadadresse lautet ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/series/GSE2034/GSE2034_RAW.tar.
Warnung
Die CEL-Dateien unseres Beispiels sind immens groß, selbst komprimiert haben sie immer noch annähernd eine Größe von 1 GByte. Eine Anleitung zur Beschaffung von vorverarbeiteten Daten dieses Experiments finden Sie im Abschnitt „Expressionsdaten laden“.
Affymetrix ist einer der führenden Anbieter von Instrumenten für die Genanalyse, inklusive hochdichter Arrays, Scannern ...
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