October 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 27m
Spanish
Overview
Este trabajo se ha traducido utilizando IA. Agradecemos tus opiniones y comentarios: translation-feedback@oreilly.com
Hoy en día, los científicos de la vida necesitan urgentemente formación en habilidades bioinformáticas. Demasiados programas bioinformáticos están mal escritos y apenas se mantienen, normalmente por estudiantes e investigadores que nunca han aprendido conocimientos básicos de programación. Esta guía práctica muestra a los profesionales bioinformáticos postdoctorales y a los estudiantes cómo explotar las mejores partes de Python para resolver problemas en biología, creando al mismo tiempo software documentado, probado y reproducible.
Ken Youens-Clark, autor de Tiny Python Projects (Manning), demuestra no sólo cómo escribir código Python eficaz, sino también cómo utilizar pruebas para escribir y refactorizar programas científicos. Aprenderás las últimas funciones y herramientas de Python, como linters, formateadores, comprobadores de tipos y pruebas para crear programas documentados y probados. También te enfrentarás a 14 retos en Rosalind, una plataforma de resolución de problemas para aprender bioinformática y programación.
- Crea programas Python de línea de comandos para documentar y validar parámetros
- Escribe pruebas para verificar programas refactorizados y confirmar que son correctos
- Abordar ideas bioinformáticas utilizando estructuras de datos de Python y módulos como Biopython
- Crea atajos y flujos de trabajo reproducibles utilizando makefiles
- Analiza formatos de archivos bioinformáticos esenciales como FASTA y FASTQ
- Encuentra patrones de texto utilizando expresiones regulares
- Utilizar funciones de orden superior en Python como filter(), map() y reduce()
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