June 2023
Intermediate to advanced
460 pages
6h 20m
Japanese
Content preview from Pythonではじめるバイオインフォマティクス ―可読性・拡張性・再現性のあるコードを書くために
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O’Reilly covers everything we've got, with content to help us build a world-class technology community, upgrade the capabilities and competencies of our teams, and improve overall team performance as well as their engagement.I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.
15章
Seqmagickマジック：レポートの作成と整形
バイオインフォマティクスのプロジェクトでは、しばしばFASTAやFASTQ形式の配列ファイルでいっぱいのディレクトリであふれています。おそらくそうしたファイルに対して、ファイルの総数や配列長の平均や最小そして最大といった配列分布について知りたいと思うでしょう。ファイルが破損していないか（シーケンシングセンターの転送に失敗したかもしれない）、サンプルのリード数が極端に少ない場合はシーケンシングに失敗している可能性があり、やり直す必要があります。本章では、ハッシュとSeqmagickツール（https://oreil.ly/VI9gr）を使って配列ファイルを検査するテクニックを紹介します。次に、Seqmagickの一部になぞらえた小規模のユーティリティを作成して、整形されたテキストテーブルの作成方法を解説します。本プログラムは、指定されたファイルセットのすべてのレコードを処理して、要約統計量を作成するためのプログラムのテンプレートとなります。
この章では以下のことを学びます。
seqmagickツールのインストール- MD5ハッシュ値の計算
- 引数を制約するための
argparseでのchoicesの使い方 numpyモジュールの使い方- ファイルハンドルの操作
tabulateおよびrichモジュールによるテーブルへの整形出力
15.1 Seqmagickを用いた配列ファイルの解析
seqmagickは配列ファイルを扱うための便利なコマンドラインユーティリティです。これは、序文のセットアップで、他のPythonモジュールと一緒にインストールされているはずです。そうでない場合は以下のようにpipでインストールできます。
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I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.Addison B.
I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.Amir M.
I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.