Pythonではじめるバイオインフォマティクス ―可読性・拡張性・再現性のあるコードを書くために

目次

大扉

クレジット

訳者まえがき

はじめに

第Ⅰ部　Rosalind.info チャレンジ

1章　テトラヌクレオチド頻度：モノを数える

1.1　はじめましょう

1.1.1　new.pyを使用したプログラムの作成

1.1.2　argparseの使用

1.1.3　コード中のエラーを発見するためのツール

1.1.4　名前付きタプルの導入

1.1.5　名前付きタプルに型を追加する

1.1.6　引数をNamedTupleで表現する

1.1.7　コマンドラインやファイルからの入力の読み取り

1.1.8　プログラムのテスト

1.1.9　出力テストのためのプログラム実行

1.2　解法1：文字列の反復処理と文字数のカウント

1.2.1　ヌクレオチドの数え方

1.2.2　解法の作成と検証

1.3　他の解法

1.3.1　解法2：count()関数の作成とユニットテストの追加

1.3.2　解法3：str.count()を使用する

1.3.3　解法4：辞書を使って全文字数を数える

1.3.4　解法5：必要な塩基だけをカウントする

1.3.5　解法6：collections.defaultdict()を使用する

1.3.6　解法7：collections.Counter()を使用する

1.4　さらなる学習

1.5　まとめ

2章　DNAからmRNAへの転写：文字列の改変、ファイルの読みだし、書き込み

2.1　はじめましょう

2.1.1　プログラムのパラメータの決定

2.1.2　オプションパラメータの決定

2.1.3　1つ以上の必須位置パラメーターの定義

2.1.4　引数の数を定義するnargsの使い方

2.1.5　argparse.FileType()を使ったファイル引数の検証

2.1.6　Argsクラスの定義 ...