Pythonではじめるバイオインフォマティクス ―可読性・拡張性・再現性のあるコードを書くために

付録B

$PATHとコマンドラインプログラムのインストールについて

　PATHは、与えられたコマンドに対して検索されるディレクトリを定義する環境変数です。つまり、fooと入力し、PATHのどこにもシェルがfooとして実行できる組み込みコマンド、シェル関数、コマンドエイリアス、プログラムがない場合、このコマンドは見つからないと表示されます。

$ foo-bash: foo: command not found

　Windows PowerShellでは、echo $env:PathでPATHを調べることができますが、Unixプラットフォームでは、echo $PATHというコマンドを使用します。どちらのパスもスペースを含まない長い文字列で表示され、Windowsではセミコロンで、Unixではコロンで区切られたすべてのディレクトリ名がリストアップされます。もしオペレーティングシステムがパスの概念を持っていなかったら、与えられたコマンドのためにマシン上のすべてのディレクトリを検索しなければならないでしょう。これには数分から数時間かかるので、検索をいくつかのディレクトリに限定するのが理にかなっています。

　以下は私のMacでのパスです。シェル（bash）に、これは変数であってリテラルな文字列PATHではないと伝えるために、名前の前にドル記号（$）を付けなければならないことに注意してください。これを読みやすくするために、Perlを使ってコロンを改行に置き換えてみます。このコマンドはPerlがインストールされているUnixのコマンドラインでのみ動作することに注意してください。

$ echo $PATH | perl -pe 's/:/\n/g' ❶/Users/kyclark/.local/bin ...