November 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 58m
French
Overview
Cet ouvrage a été traduit à l'aide de l'IA. Tes réactions et tes commentaires sont les bienvenus : translation-feedback@oreilly.com
Les scientifiques du vivant ont aujourd'hui un besoin urgent de formation en bioinformatique. Trop de programmes bioinformatiques sont mal écrits et à peine maintenus, généralement par des étudiants et des chercheurs qui n'ont jamais appris les compétences de base en programmation. Ce guide pratique montre aux professionnels de la bio-informatique postdoc et aux étudiants comment exploiter les meilleures parties de Python pour résoudre des problèmes en biologie tout en créant des logiciels documentés, testés et reproductibles.
Ken Youens-Clark, auteur de Tiny Python Projects (Manning), démontre non seulement comment écrire du code Python efficace, mais aussi comment utiliser les tests pour écrire et remanier des programmes scientifiques. Tu apprendras les dernières fonctionnalités et outils de Python, notamment les linters, les formateurs, les vérificateurs de type et les tests pour créer des programmes documentés et testés. Tu relèveras également 14 défis dans Rosalind, une plateforme de résolution de problèmes pour apprendre la bio-informatique et la programmation.
- Créer des programmes Python en ligne de commande pour documenter et valider les paramètres.
- Écris des tests pour vérifier les programmes de refactorisation et confirmer qu'ils sont corrects.
- Aborder des idées bioinformatiques en utilisant des structures de données Python et des modules tels que Biopython.
- Créer des raccourcis et des flux de travail reproductibles à l'aide de makefiles.
- Analyser les formats de fichiers bioinformatiques essentiels tels que FASTA et FASTQ
- Trouver des modèles de texte à l'aide d'expressions régulières
- Utiliser des fonctions d'ordre supérieur en Python comme filter(), map() et reduce().
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