November 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 58m
French
Content preview from Maîtriser Python pour la bioinformatique
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O’Reilly covers everything we've got, with content to help us build a world-class technology community, upgrade the capabilities and competencies of our teams, and improve overall team performance as well as their engagement.I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.
Chapitre 16. FASTX grep : Création d'un programme utilitaire pour sélectionner des séquences
Cet ouvrage a été traduit à l'aide de l'IA. Tes réactions et tes commentaires sont les bienvenus : translation-feedback@oreilly.com
Un collègue m'a demandé un jour de trouver toutes les séquences d'ARN dans un fichier FASTQ dont la description ou le nom contenait la chaîne LSU (pour long subunit RNA). Bien qu'il soit possible de résoudre ce problème pour les fichiers FASTQ en utilisant le programme grep 1 pour trouver toutes les lignes d'un fichier correspondant à un certain motif, écrire une solution en Python te permet de créer un programme qui pourrait être étendu pour gérer d'autres formats, comme FASTA, ainsi que pour sélectionner des enregistrements en fonction d'autres critères, comme la longueur ou le contenu GC. En outre, tu peux ajouter des options pour modifier le format de la séquence de sortie et introduire des commodités pour l'utilisateur, comme deviner le format du fichier d'entrée en se basant sur l'extension du fichier.
Dans ce chapitre, tu apprendras :
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A propos de la structure d'un fichier FASTQ
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Comment effectuer une correspondance d'expression régulière insensible à la casse ?
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A propos des idées DWIM (Do What I Mean) et DRY (Don't Repeat Yourself) dans le code
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Comment utiliser les opérations
andetorpour réduire les valeurs booléennes et les bits ?
Recherche de lignes dans un fichier à l'aide de grep
Le programme grep peut trouver toutes les lignes d'un ...
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I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.Addison B.
I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.Amir M.
I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.