November 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 58m
French
Content preview from Maîtriser Python pour la bioinformatique
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O’Reilly covers everything we've got, with content to help us build a world-class technology community, upgrade the capabilities and competencies of our teams, and improve overall team performance as well as their engagement.I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.
Chapitre 14. Trouver des cadres de lecture ouverts
Cet ouvrage a été traduit à l'aide de l'IA. Tes réactions et tes commentaires sont les bienvenus : translation-feedback@oreilly.com
Le défi ORF est le dernier problème de Rosalind que j'aborderai dans ce livre. L'objectif est de trouver tous les cadres de lecture ouverts (ORF) possibles dans une séquence d'ADN. Un ORF est une région de nucléotides située entre le codon de départ et le codon d'arrêt. La solution prendra en compte à la fois le complément avant et le complément arrière, ainsi que les décalages de trame.
Bien qu'il existe des outils tels que TransDecoder pour trouver les régions codantes, l'écriture d'une solution sur mesure rassemble de nombreuses compétences des chapitres précédents, notamment la lecture d'un fichier FASTA, la création du complément inverse d'une séquence, l'utilisation de tranches de chaînes, la recherche de k-mères, l'utilisation de plusieurs boucles/itérations for, la traduction de l'ADN et l'utilisation d'expressions régulières.
Tu apprendras :
-
Comment tronquer une séquence à une longueur également divisible par la taille d'un codon ?
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Comment utiliser les fonctions
str.find()etstr.partition()? -
Comment documenter une expression régulière en utilisant le formatage du code, les commentaires et la concaténation implicite de chaînes de Python.
Pour commencer
Le code, les tests et les solutions de ce défi se trouvent dans le répertoire 14_orf.Commence par copier la première solution dans ...
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I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.Addison B.
I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.Amir M.
I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.