November 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 58m
French
Content preview from Maîtriser Python pour la bioinformatique
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Chapitre 19. Blastomatic : Analyse des fichiers texte délimités
Cet ouvrage a été traduit à l'aide de l'IA. Tes réactions et tes commentaires sont les bienvenus : translation-feedback@oreilly.com
Les fichiers texte délimités sont un moyen standard d'encoder des données en colonnes. Tu es probablement familier avec les feuilles de calcul comme Microsoft Excel ou Google Sheets, où chaque feuille de calcul peut contenir un ensemble de données avec des colonnes en haut et des enregistrements en bas. Tu peux exporter ces données vers un fichier texte où les colonnes de données sont délimitées, ou séparées par un caractère. Très souvent, le délimiteur est une virgule, et le fichier aura une extension .csv. Ce format est appelé CSV, pour comma-separated values (valeurs séparées par des virgules).
Lorsque le délimiteur est une tabulation, l'extension peut être .tab, .txt, ou .tsv pour les valeurs séparées par des tabulations. La première ligne du fichier contient généralement le nom des colonnes.
Ce n'est pas le cas de la sortie tabulaire de BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), l'un des outils les plus populaires en bio-informatique utilisé pour comparer les séquences. Dans ce chapitre, je te montrerai comment analyser cette sortie et fusionner les résultats de BLAST avec les métadonnées d'un autre fichier texte délimité à l'aide des modules csv et pandas.
Dans cet exercice, tu apprendras :
-
Comment utiliser
csvkitetcsvchkpour visualiser des fichiers texte délimités ? -
Comment ...
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I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.Addison B.
I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.Amir M.
I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.