Maîtriser Python pour la bioinformatique

Annexe B. Comprendre $PATH et installer les programmes en ligne de commande

PATH est une variable d'environnement qui définit les répertoires qui seront recherchés pour une commande donnée. C'est-à-dire que si je tape foo et qu'il n'y a pas de commande intégrée, de fonction shell, d'alias de commande ou de programme dans mon PATH que l'interpréteur de commandes peut exécuter en tant que fooon me dira que cette commande est introuvable :

$ foo
-bash: foo: command not found

Dans Windows PowerShell, je peux inspecter le site PATH avec echo $env:Pathtandis que sur les plates-formes Unix, j'utilise la commande echo $PATHLes deux chemins sont imprimés sous la forme d'une longue chaîne de caractères sans espaces, énumérant tous les noms de répertoires séparés par des points-virgules sous Windows ou par des deux-points sous Unix. Si le système d'exploitation n'avait pas de notion de chemin d'accès, il devrait rechercher une commande donnée dans tous les répertoires de la machine. Cela peut prendre des minutes, voire des heures, et il est donc logique de limiter la recherche à quelques répertoires seulement.

Voici mon chemin d'accès sur mon Macintosh. Note que je dois mettre un signe de dollar ($) devant le nom pour indiquer à mon shell (bash) qu'il s'agit d'une variable et non de la chaîne littérale PATH. Pour rendre ce texte plus lisible, j'utiliserai Perl pour remplacer les deux-points par des nouvelles lignes. Note que cette commande ne fonctionnera que sur une ligne de commande Unix ...