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Maîtriser Python pour la bioinformatique
book

Maîtriser Python pour la bioinformatique

by Ken Youens-Clark
November 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 58m
French
O'Reilly Media, Inc.
Content preview from Maîtriser Python pour la bioinformatique

Chapitre 12. Déduire l'ARNm de la protéine : Produits et réductions de listes

Cet ouvrage a été traduit à l'aide de l'IA. Tes réactions et tes commentaires sont les bienvenus : translation-feedback@oreilly.com

Comme décrit dans le défi ARNm de Rosalind, le but de ce programme est de trouver le nombre de chaînes d'ARNm qui pourraient produire une séquence de protéine donnée.Tu verras que ce nombre peut devenir extrêmement grand, et que la réponse finale sera donc le reste après la division par une valeur donnée. J'espère montrer que je peux me jouer des expressions régulières en essayant de générer toutes les chaînes qui pourraient correspondre à un motif particulier. Je montrerai également comment créer les produits de nombres et de listes, ainsi que comment réduire toute liste de valeurs à une seule valeur, et en cours de route, je parlerai de certains problèmes de mémoire qui peuvent poser des problèmes.

Tu apprendras :

  • Comment utiliser la fonction functools.reduce() pour créer une fonction mathématique qui multiplie les nombres ? product() mathématique pour multiplier des nombres

  • Comment utiliser l'opérateur modulo (%) de Python ?

  • À propos des problèmes de débordement de mémoire tampon

  • Ce que sont les monoïdes

  • Comment inverser un dictionnaire en inversant les clés et les valeurs ?

Pour commencer

Tu dois travailler dans le répertoire 12_mrna du référentiel.Commence par copier la première solution dans le programme mrna.py:

$ cd 12_mrna/ $ cp solution1_dict.py mrna.py ...
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