November 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 58m
French
Content preview from Maîtriser Python pour la bioinformatique
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Chapitre 17. Synthétiseur d'ADN : Créer des données synthétiques avec les chaînes de Markov
Cet ouvrage a été traduit à l'aide de l'IA. Tes réactions et tes commentaires sont les bienvenus : translation-feedback@oreilly.com
Une chaîne de Markov est un modèle de représentation d'une séquence de possibilités trouvées dans un ensemble de données donné. Il s'agit d'un algorithme d'apprentissage machine (ML) car il découvre ou apprend des modèles à partir de données d'entrée. Dans cet exercice, je montrerai comment utiliser des chaînes de Markov entraînées sur un ensemble de séquences d'ADN pour générer de nouvelles séquences d'ADN.
Dans cet exercice, tu vas :
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Lis un certain nombre de fichiers de séquences d'entrée pour trouver tous les k-mères uniques pour un k donné.
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Crée une chaîne de Markov en utilisant ces k-mers pour produire un certain nombre de nouvelles séquences de longueurs limitées par un minimum et un maximum.
-
Apprends à connaître les générateurs.
-
Utilise une graine aléatoire pour reproduire des sélections aléatoires.
Comprendre les chaînes de Markov
Dans "A Mathematical Theory of Communication" (1948) de Claude Shannon, l'auteur décrit un processus de Markoff qui est étonnamment similaire aux graphes et aux diagrammes d'états finis que j'ai utilisés pour illustrer les expressions régulières. Shannon décrit ce processus comme "un nombre fini d'états possibles d'un système" et "un ensemble de probabilités de transition" qu'un état conduise à un autre.
Pour ...
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I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.Addison B.
I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.Amir M.
I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.