Maîtriser Python pour la bioinformatique

Chapitre 13. Sites de restriction de la localisation : Utiliser, tester et partager le code

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Une séquence palindromique dans l'ADN est une séquence dans laquelle la séquence de paires de bases 5' à 3' est identique sur les deux brins. Par exemple, la figure 13-1 montre que le complément inverse de la séquence d'ADN GCATGC est la séquence elle-même.

Figure 13-1. Un palindrome inversé est égal à son complément inversé.

Je peux le vérifier dans le code :

>>> from Bio import Seq
>>> seq = 'GCATGC'
>>> Seq.reverse_complement(seq) == seq
True

Comme décrit dans le défi Rosalind REVP, les enzymes de restriction reconnaissent et coupent des séquences palindromiques spécifiques d'ADN connues sous le nom de sites de restriction. Elles ont généralement une longueur comprise entre 4 et 12 nucléotides. Le but de cet exercice est de trouver les emplacements dans une séquence d'ADN de chaque enzyme de restriction putative. Le code pour résoudre ce problème pourrait être extrêmement compliqué, mais une bonne compréhension de certaines techniques de programmation fonctionnelle aide à créer une solution courte et élégante. J'explorerai map(), zip(), et enumerate() ainsi que de nombreuses petites fonctions testées.

Tu apprendras :

• Comment trouver un palindrome inversé ...