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우아한 사이파이: 수학, 과학, 엔지니어링을 위한 파이썬 데이터 분석 라이브러리 SciPy
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우아한 사이파이: 수학, 과학, 엔지니어링을 위한 파이썬 데이터 분석 라이브러리 SciPy

by 최길우, 후안 누네즈-이글레시아스, 스테판 판데르발트, 해리엇 대시나우
June 2018
Beginner to intermediate
304 pages
7h 38m
Korean
Hanbit Media, Inc.
Content preview from 우아한 사이파이: 수학, 과학, 엔지니어링을 위한 파이썬 데이터 분석 라이브러리 SciPy
40
우아한 사이파이
1.3
유전자 발현 데이터셋
이 장에서는
TCGA
프로젝트
11
피부암 샘플의
RNA
염기서열분석 실험 데이터셋을 사용한다.
예제를 위해서 미리 데이터를 정렬했다. 이 책의 깃허브에 있는
data
/
counts
.
txt
파일
12
을 사
용하면 된다.
2
장에서는 유전자 발현 데이터를 사용하여 피부암 환자의 사망률을 예측한다.
TCGA
프로젝
트의 논문
13
에 실린 그림
5A
5B
14
의 축소 버전을 재현한다. 먼저 데이터 편향
bias
에 대해서
이해하고, 이것을 어떻게 개선할 것인지 고려해야 한다.
1.3.1
팬더스로 데이터 읽기
먼저 팬더스를 사용하여 테이블 형식의 데이터를 읽는다. 팬더스는 데이터(특히 테이블 형식
과 시계열 데이터 ) 분석 및 조작용 파이썬 라이브러리다. 혼합된 타입의 테이블 데이터를 읽
는 데 팬더스를 사용한다. 팬더스는
R
과 같이 데이터프레임 객체를 기반으로 하는 유연한 테이
블 형식의 데이터프레임
DataFrame
타입을 사용한다. 예제에서 읽을 데이터 타입은 문자열 (유전
자 이름 )과 정수(여러 열의 샘플 개수)이기 때문에, 이 둘을 같은 숫자 배열로 읽는 것은 잘못
된 접근 방법이다. 넘파이는 혼합 데이터 타입 (구조화된 배열 )을 일부 지원한다. 그러나 넘파
이는 혼합 데이터 타입을 처리하는 설계가 되어 있지 않아서 후속
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ISBN: 9791162240748