October 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 48m
German
Overview
Diese Arbeit wurde mithilfe von KI übersetzt. Wir freuen uns über dein Feedback und deine Kommentare: translation-feedback@oreilly.com
Biowissenschaftler/innen brauchen heute dringend eine Ausbildung in Bioinformatik. Zu viele Bioinformatik-Programme sind schlecht geschrieben und werden kaum gewartet, meist von Studenten und Forschern, die nie grundlegende Programmierkenntnisse erworben haben. Dieser praktische Leitfaden zeigt Bioinformatikern und Studenten nach der Promotion, wie sie die besten Seiten von Python nutzen können, um biologische Probleme zu lösen und gleichzeitig dokumentierte, getestete und reproduzierbare Software zu erstellen.
Ken Youens-Clark, Autor von Tiny Python Projects (Manning), zeigt nicht nur, wie man effektiven Python-Code schreibt, sondern auch, wie man Tests nutzt, um wissenschaftliche Programme zu schreiben und zu refaktorisieren. Du lernst die neuesten Python-Funktionen und -Werkzeuge wie Linters, Formatierer, Typprüfungen und Tests kennen, um dokumentierte und getestete Programme zu erstellen. Außerdem löst du 14 Aufgaben in Rosalind, einer Problemlösungsplattform zum Erlernen von Bioinformatik und Programmierung.
- Erstelle Python-Programme für die Kommandozeile, um Parameter zu dokumentieren und zu validieren
- Schreibe Tests, um Refactor-Programme zu überprüfen und zu bestätigen, dass sie korrekt sind
- Bioinformatik-Ideen mit Hilfe von Python-Datenstrukturen und Modulen wie Biopython angehen
- Erstellen von reproduzierbaren Abkürzungen und Arbeitsabläufen mithilfe von Makefiles
- Parsen wichtiger bioinformatischer Dateiformate wie FASTA und FASTQ
- Textmuster mit regulären Ausdrücken finden
- Funktionen höherer Ordnung in Python wie filter(), map() und reduce() verwenden
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