Python für die Bioinformatik beherrschen

Kapitel 12. Vom Protein auf die mRNA schließen: Produkte und Reduktionen von Listen

Diese Arbeit wurde mithilfe von KI übersetzt. Wir freuen uns über dein Feedback und deine Kommentare: [e-mail]

Wie in der Rosalind mRNA-Herausforderung beschrieben, besteht das Ziel dieses Programms darin, die Anzahl der mRNA-Zeichenketten zu finden, die eine bestimmte Proteinsequenz ergeben könnten.Du wirst sehen, dass diese Zahl sehr groß werden kann, sodass die endgültige Antwort der Rest nach der Division durch einen bestimmten Wert ist. Ich möchte zeigen, dass ich den Spieß umdrehen kann, indem ich versuche, alle Zeichenketten zu generieren, auf die ein bestimmtes Muster passt. Außerdem zeige ich, wie man das Produkt aus Zahlen und Listen bildet und wie man eine beliebige Liste von Werten auf einen einzigen Wert reduziert. Außerdem gehe ich auf einige Speicherprobleme ein, die Probleme verursachen können.

Du wirst lernen:

• Wie man die Funktion functools.reduce() verwendet, um eine mathematische product() Funktion zum Multiplizieren von Zahlen

• Wie man den Modulo-Operator (%) in Python verwendet

• Über Pufferüberlaufprobleme

• Was Monoide sind

• Wie man ein Wörterbuch umkehrt, indem man die Schlüssel und Werte umdreht

Erste Schritte

Du solltest im Verzeichnis 12_mrna des Repositorys arbeiten.Beginne damit, die erste Lösung in das Programm mrna.py zu kopieren:

$ cd 12_mrna/
$ cp solution1_dict.py mrna.py

Überprüfe wie immer zuerst die Verwendung:

$ ./mrna.py -h usage: ...