Python für die Bioinformatik beherrschen

Kapitel 2. Transkription von DNA in mRNA: Strings mutieren, Dateien lesen und schreiben

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Um die Proteine zu bilden, die für die Erhaltung des Lebens notwendig sind, müssen Bereiche der DNA in eine Form von RNA umgeschrieben werden, die Boten-RNA (mRNA) genannt wird. Es gibt zwar viele faszinierende biochemische Unterschiede zwischen DNA und RNA, aber für unsere Zwecke besteht der einzige Unterschied darin, dass alle Buchstaben T, die für die Base Thymin in einer DNA-Sequenz stehen, in den Buchstaben U, für Uracil, geändert werden müssen. Wie auf der Rosalind RNA-Seite beschrieben, wird das Programm, das ich dir zeigen werde, wie du es schreibst, eine DNA-Sequenz wie ACGT akzeptieren und die transkribierte mRNA ACGU ausgeben. Ich kann die Funktion str.replace() von Python verwenden, um dies in einer Zeile zu erledigen:

>>> 'GATGGAACTTGACTACGTAAATT'.replace('T', 'U')
'GAUGGAACUUGACUACGUAAAUU'

Du hast bereits in Kapitel 1 gesehen, wie man ein Programm schreibt, das eine DNA-Sequenz von der Kommandozeile oder aus einer Datei entgegennimmt und ein Ergebnis ausgibt. Ich werde dieses Programm interessanter machen, indem ich ein sehr häufig vorkommendes Muster in der Bioinformatik aufgreife. Ich werde nämlich zeigen, wie man eine oder mehrere Eingabedateien verarbeitet und die Ergebnisse in ein Ausgabeverzeichnis stellt. Es ist zum Beispiel üblich, die Ergebnisse ...