October 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 48m
German
Content preview from Python für die Bioinformatik beherrschen
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O’Reilly covers everything we've got, with content to help us build a world-class technology community, upgrade the capabilities and competencies of our teams, and improve overall team performance as well as their engagement.I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.
Kapitel 15. Seqmagique: Berichte erstellen und formatieren
Diese Arbeit wurde mithilfe von KI übersetzt. Wir freuen uns über dein Feedback und deine Kommentare: translation-feedback@oreilly.com
In Bioinformatik-Projekten starrst du oft auf ein Verzeichnis voller Sequenzdateien, wahrscheinlich im FASTA- oder FASTQ-Format. Du willst dir wahrscheinlich zunächst einen Überblick über die Verteilung der Sequenzen in den Dateien verschaffen, z. B. wie viele Sequenzen in jeder Datei enthalten sind und welche durchschnittliche, minimale und maximale Länge die Sequenzen haben. Du musst wissen, ob einige Dateien beschädigt sind - vielleicht wurden sie nicht vollständig von deinem Sequenzierzentrum übertragen - oder ob einige Proben viel weniger Reads haben, was vielleicht auf einen schlechten Sequenzierlauf hinweist, der wiederholt werden muss. In diesem Kapitel stelle ich dir einige Techniken vor, mit denen du deine Sequenzdateien mithilfe von Hashes und dem Tool Seqmagick überprüfen kannst. Dann schreibe ich ein kleines Dienstprogramm, das einen Teil von Seqmagick nachahmt, um zu zeigen, wie man formatierte Texttabellen erstellt. Dieses Programm dient als Vorlage für jedes Programm, das alle Datensätze in einer bestimmten Menge von Dateien verarbeiten und eine Tabelle mit zusammenfassenden Statistiken erstellen muss.
Du wirst lernen:
-
So installierst du das Tool
seqmagick -
Wie man MD5-Hashes verwendet
-
Wie man
choicesinargparseverwendet, um Argumente einzuschränken -
So verwendest ...
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I wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.Addison B.
I’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.Amir M.
I'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.