Python für die Bioinformatik beherrschen

Kapitel 3. Umgekehrte Komplementierung der DNA: String-Manipulation

Diese Arbeit wurde mithilfe von KI übersetzt. Wir freuen uns über dein Feedback und deine Kommentare: [e-mail]

Die Rosalind REVC-Herausforderung erklärt, dass die Basen der DNA Paare von A-T und G-C bilden. Außerdem hat die DNA eine Richtungsabhängigkeit und wird normalerweise vom 5'-Ende(Ende mit fünf Basen) zum 3'-Ende(Ende mit drei Basen) hin gelesen.Wie in Abbildung 3-1 gezeigt, ist das Komplement der DNA-Kette AAAACCCGGT TTTTGGGCCA.Ich lese diese Kette dann umgekehrt (vom 3'-Ende aus) und erhalte ACCGGGTTTT als umgekehrtes Komplement.

Abbildung 3-1. Das umgekehrte Komplement der DNA ist das Komplement, das aus der entgegengesetzten Richtung gelesen wird

Obwohl es viele Tools gibt, mit denen du das umgekehrte Komplement der DNA generieren kannst - und ich werde einen Spoiler-Alarm auslösen, dass die endgültige Lösung eine Funktion aus der Biopython-Bibliothek verwenden wird - geht es beim Schreiben unseres eigenen Algorithmus darum, Python zu erforschen. In diesem Kapitel wirst du lernen:

• Wie man einen Entscheidungsbaum mit einem Wörterbuch als Nachschlagetabelle implementiert

• Wie man eine Liste oder einen String dynamisch erzeugt

• Wie man die Funktion reversed() verwendet, die ein Beispiel für einen Iterator ist

• Wie Python Zeichenketten und Listen ähnlich behandelt

• Wie man ...