Kapitel 7. Die Übersetzung von mRNA in Protein: Mehr funktionale Programmierung
Diese Arbeit wurde mithilfe von KI übersetzt. Wir freuen uns über dein Feedback und deine Kommentare: translation-feedback@oreilly.com
Das zentrale Dogma der Molekularbiologie besagt, dass aus DNA mRNA und aus mRNA Protein entsteht. In Kapitel 2 habe ich gezeigt, wie man DNA in mRNA transkribiert, also ist es jetzt an der Zeit, mRNA in Proteinsequenzen zu übersetzen.
Wie auf der Rosalind PROT-Seite beschrieben, muss ich jetzt ein Programm schreiben, das eine mRNA-Zeichenkette akzeptiert und eine Aminosäuresequenz erzeugt. Ich werde mehrere Lösungen zeigen, die Listen, for Schleifen, List Comprehensions, Wörterbücher und Funktionen höherer Ordnung verwenden, aber ich gestehe, dass ich mit einer Biopython-Funktion enden werde. Trotzdem wird es eine Menge Spaß machen.
Ich werde mich vor allem darauf konzentrieren, wie man kleine Funktionen schreibt, testet und zusammensetzt, um Lösungen zu erstellen. Du wirst lernen:
-
Wie extrahiere ich Codons/k-mers aus einer Sequenz mit Hilfe von String Slices?
-
Wie man ein Wörterbuch als Nachschlagetabelle verwendet
-
Wie man eine
forSchleife in ein Listenverständnis und einenmap()Ausdruck übersetzt -
Wie du die Funktionen
takewhile()undpartial()verwendest -
Wie man das Modul
Bio.Seqverwendet, um mRNA in Proteine zu übersetzen
Erste Schritte
Für diese Übung musst du im Verzeichnis 07_prot arbeiten. Ich empfehle, dass du zunächst die erste Lösung nach prot.py ...
Become an O’Reilly member and get unlimited access to this title plus top books and audiobooks from O’Reilly and nearly 200 top publishers, thousands of courses curated by job role, 150+ live events each month,
and much more.
Read now
Unlock full access