Skip to Content
Python für die Bioinformatik beherrschen
book

Python für die Bioinformatik beherrschen

by Ken Youens-Clark
October 2024
Intermediate to advanced
456 pages
11h 48m
German
O'Reilly Media, Inc.
Content preview from Python für die Bioinformatik beherrschen

Kapitel 7. Die Übersetzung von mRNA in Protein: Mehr funktionale Programmierung

Diese Arbeit wurde mithilfe von KI übersetzt. Wir freuen uns über dein Feedback und deine Kommentare: translation-feedback@oreilly.com

Das zentrale Dogma der Molekularbiologie besagt, dass aus DNA mRNA und aus mRNA Protein entsteht. In Kapitel 2 habe ich gezeigt, wie man DNA in mRNA transkribiert, also ist es jetzt an der Zeit, mRNA in Proteinsequenzen zu übersetzen. Wie auf der Rosalind PROT-Seite beschrieben, muss ich jetzt ein Programm schreiben, das eine mRNA-Zeichenkette akzeptiert und eine Aminosäuresequenz erzeugt. Ich werde mehrere Lösungen zeigen, die Listen, for Schleifen, List Comprehensions, Wörterbücher und Funktionen höherer Ordnung verwenden, aber ich gestehe, dass ich mit einer Biopython-Funktion enden werde. Trotzdem wird es eine Menge Spaß machen.

Ich werde mich vor allem darauf konzentrieren, wie man kleine Funktionen schreibt, testet und zusammensetzt, um Lösungen zu erstellen. Du wirst lernen:

  • Wie extrahiere ich Codons/k-mers aus einer Sequenz mit Hilfe von String Slices?

  • Wie man ein Wörterbuch als Nachschlagetabelle verwendet

  • Wie man eine for Schleife in ein Listenverständnis und einen map() Ausdruck übersetzt

  • Wie du die Funktionen takewhile() und partial() verwendest

  • Wie man das Modul Bio.Seq verwendet, um mRNA in Proteine zu übersetzen

Erste Schritte

Für diese Übung musst du im Verzeichnis 07_prot arbeiten. Ich empfehle, dass du zunächst die erste Lösung nach prot.py ...

Become an O’Reilly member and get unlimited access to this title plus top books and audiobooks from O’Reilly and nearly 200 top publishers, thousands of courses curated by job role, 150+ live events each month,
and much more.

Read now

Unlock full access

More than 5,000 organizations count on O’Reilly

AirBnbBlueOriginElectronic ArtsHomeDepotNasdaqRakutenTata Consultancy Services

QuotationMarkO’Reilly covers everything we've got, with content to help us build a world-class technology community, upgrade the capabilities and competencies of our teams, and improve overall team performance as well as their engagement.
Julian F.
Head of Cybersecurity
QuotationMarkI wanted to learn C and C++, but it didn't click for me until I picked up an O'Reilly book. When I went on the O’Reilly platform, I was astonished to find all the books there, plus live events and sandboxes so you could play around with the technology.
Addison B.
Field Engineer
QuotationMarkI’ve been on the O’Reilly platform for more than eight years. I use a couple of learning platforms, but I'm on O'Reilly more than anybody else. When you're there, you start learning. I'm never disappointed.
Amir M.
Data Platform Tech Lead
QuotationMarkI'm always learning. So when I got on to O'Reilly, I was like a kid in a candy store. There are playlists. There are answers. There's on-demand training. It's worth its weight in gold, in terms of what it allows me to do.
Mark W.
Embedded Software Engineer

You might also like

Blaupausen für Textanalyse mit Python

Blaupausen für Textanalyse mit Python

Jens Albrecht, Sidharth Ramachandran, Christian Winkler

Publisher Resources

ISBN: 9798341605442