Python für die Bioinformatik beherrschen

Anhang B. Das Verständnis von $PATH und die Installation von Kommandozeilen-Programmen

PATH ist eine Umgebungsvariable, die die Verzeichnisse definiert, die nach einem bestimmten Befehl durchsucht werden. Das heißt, wenn ich foo eingebe und es nirgendwo in meinem PATH einen eingebauten Befehl, eine Shell-Funktion, einen Befehlsalias oder ein Programm gibt, das die Shell als fooausführen kann, wird mir gesagt, dass dieser Befehl nicht gefunden werden kann:

$ foo
-bash: foo: command not found

In der Windows PowerShell kann ich die PATH mit echo $env:Path, während ich auf Unix-Plattformen den Befehl echo $PATHBeide Pfade werden als lange Zeichenkette ohne Leerzeichen ausgegeben, die alle Verzeichnisnamen auflistet, die unter Windows durch Semikolons und unter Unix durch Doppelpunkte getrennt sind. Wenn das Betriebssystem kein Konzept für einen Pfad hätte, müsste es alle Verzeichnisse auf dem Rechner nach einem bestimmten Befehl durchsuchen. Das kann Minuten bis Stunden dauern, deshalb ist es sinnvoll, die Suche auf einige wenige Verzeichnisse zu beschränken.

Nachfolgend siehst du den Pfad auf meinem Macintosh. Beachte, dass ich ein Dollarzeichen ($) vor den Namen setzen muss, um meiner Shell (bash) mitzuteilen, dass es sich um eine Variable und nicht um die Zeichenkette PATH handelt. Um das Ganze lesbarer zu machen, ersetze ich in Perl die Doppelpunkte durch Zeilenumbrüche. Beachte, dass dieser Befehl nur auf einer Unix-Kommandozeile funktioniert, auf der Perl installiert ist: