This is the Title of the Book, eMatter Edition
Copyright © 2012 O’Reilly & Associates, Inc. All rights reserved.
302
Appendix C
APPENDIX C
NCBI-BLAST Scoring Schemes
‘Statistical parameters for gapped alignment are determined empirically from ran-
dom sequence alignments. NCBI-BLAST provides several combinations of scoring
matrices and gap costs. These are the only combinations of gap penalties that can be
used with a given matrix. The default values for each matrix are in boldface in the
following table. If your BLAST distribution doesn’t have all the listed matrices, you
can find more at ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices.
NCBI-BLAST Matrices and Gap Costs
Matrix G E λ K H
BLOSUM62 32767 32767 0.318 0.134 0.401
11 2 0.297 0.082 0.27
10 2 0.291 0.075 0.23
12 1 0.283 0.059 0.19
9 2 0.279 0.058 0.19
8 2 0.264 0.045 0.15
11 1 0.267 0.041 0.14
10 1 0.243 0.024 0.10
7 2 0.239 0.027 0.10
6 2 0.201 0.012 0.061
9 1 0.206 0.010 0.052
BLOSUM80 32767 32767 0.343 0.177 0.657
25 2 0.342 0.17 0.66
13 2 0.336 0.15 0.57
9 2 0.319 0.11 0.42
11 1 0.314 0.095 0.35
8 2 0.308 0.090 0.35
This is the Title of the Book, eMatter Edition
Copyright © 2012 O’Reilly & Associates, Inc. All rights reserved.
NCBI-BLAST Matrices and Gap Costs
|
303
10 1 0.299 0.071 0.27
7 2 0.293 0.070 0.27
9 1 0.279 0.048 0.20
6 2 0.268 0.045 0.19
BLOSUM90 32767 32767 0.335 0.190 0.755
9 2 0.310 0.12 0.46
11 1 0.302 0.093 0.39
8 2 0.300 0.099 0.39
7 2 0.283 0.072 0.30
10 1 0.290 0.075 0.28
6 2 0.259 0.048 0.22
9 1 0.265 0.044 0.20
BLOSUM50 32767 32767 0.232 0.112 0.336
16 2 0.215 0.066 0.20
13 3 0.212 0.063 0.19
19 1 0.212 0.57 0.18
15 2 0.210 0.058 0.17
12 3 0.206 0.055 0.17
18 1 0.207 0.050 0.15
14 2 0.202 0.045 0.14
11 3 0.197 0.042 0.14
17 1 0.198 0.037 0.12
13 2 0.193 0.035 0.12
10 3 0.186 0.031 0.11
16 1 0.186 0.025 0.10
12 2 0.181 0.025 0.095
9 3 0.172 0.022 0.082
15 1 0.171 0.015 0.063
BLOSUM45 32767 32767 0.229 0.092 0.251
13 3 0.207 0.049 0.14
16 2 0.210 0.051 0.14
15 2 0.203 0.041 0.12
19 1 0.205 0.040 0.11
12 3 0.199 0.039 0.11
18 1 0.198 0.032 0.10
14 2 0.195 0.032 0.10
11 3 0.190 0.031 0.095
Matrix G E λ K H
This is the Title of the Book, eMatter Edition
Copyright © 2012 O’Reilly & Associates, Inc. All rights reserved.
304
|
Appendix C: NCBI-BLAST Scoring Schemes
13 2 0.185 0.024 0.084
17 1 0.189 0.024 0.078
10 3 0.179 0.023 0.075
16 1 0.176 0.016 0.063
12 2 0.171 0.016 0.061
PAM250 32767 32767 0.218 0.0877 0.287
15 3 0.205 0.049 0.13
17 2 0.204 0.047 0.12
14 3 0.200 0.043 0.12
21 1 0.204 0.045 0.11
16 2 0.198 0.038 0.11
20 1 0.199 0.037 0.10
13 3 0.194 0.036 0.10
15 2 0.191 0.031 0.087
12 3 0.186 0.029 0.085
19 1 0.192 0.029 0.083
14 2 0.182 0.024 0.073
18 1 0.183 0.021 0.070
11 3 0.174 0.020 0.070
13 2 0.171 0.017 0.059
17 1 0.171 0.014 0.052
PAM30 32767 32767 0.336 0.277 1.82
10 1 0.309 0.15 0.88
7 2 0.305 0.15 0.87
6 2 0.287 0.11 0.68
9 1 0.294 0.11 0.61
5 2 0.264 0.079 0.45
8 1 0.270 0.072 0.40
PAM70 32767 32767 0.328 0.222 1.11
8 2 0.301 0.12 0.54
11 1 0.305 0.12 0.52
7 2 0.286 0.093 0.43
10 1 0.291 0.91 0.41
6 2 0.264 0.064 0.29
9 1 0.270 0.060 0.28
Matrix G E λ K H

Get BLAST now with O’Reilly online learning.

O’Reilly members experience live online training, plus books, videos, and digital content from 200+ publishers.