BLAST

This is the Title of the Book, eMatter Edition

Copyright © 2012 O’Reilly & Associates, Inc. All rights reserved.

302

Appendix C

APPENDIX C

NCBI-BLAST Scoring Schemes

‘Statistical parameters for gapped alignment are determined empirically from ran-

dom sequence alignments. NCBI-BLAST provides several combinations of scoring

matrices and gap costs. These are the only combinations of gap penalties that can be

used with a given matrix. The default values for each matrix are in boldface in the

following table. If your BLAST distribution doesn’t have all the listed matrices, you

can find more at ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices.

NCBI-BLAST Matrices and Gap Costs

Matrix G E λ K H

BLOSUM62 32767 32767 0.318 0.134 0.401

11 2 0.297 0.082 0.27

10 2 0.291 0.075 0.23

12 1 0.283 0.059 0.19

9 2 0.279 0.058 0.19

8 2 0.264 0.045 0.15

11 1 0.267 0.041 0.14

10 1 0.243 0.024 0.10

7 2 0.239 0.027 0.10

6 2 0.201 0.012 0.061

9 1 0.206 0.010 0.052

BLOSUM80 32767 32767 0.343 0.177 0.657

25 2 0.342 0.17 0.66

13 2 0.336 0.15 0.57

9 2 0.319 0.11 0.42

11 1 0.314 0.095 0.35

8 2 0.308 0.090 0.35

This is the Title of the Book, eMatter Edition

Copyright © 2012 O’Reilly & Associates, Inc. All rights reserved.

NCBI-BLAST Matrices and Gap Costs

|

303

10 1 0.299 0.071 0.27

7 2 0.293 0.070 0.27

9 1 0.279 0.048 0.20

6 2 0.268 0.045 0.19

BLOSUM90 32767 32767 0.335 0.190 0.755

9 2 0.310 0.12 0.46

11 1 0.302 0.093 0.39

8 2 0.300 0.099 0.39

7 2 0.283 0.072 0.30

10 1 0.290 0.075 0.28

6 2 0.259 0.048 0.22

9 1 0.265 0.044 0.20

BLOSUM50 32767 32767 0.232 0.112 0.336

16 2 0.215 0.066 0.20

13 3 0.212 0.063 0.19

19 1 0.212 0.57 0.18

15 2 0.210 0.058 0.17

12 3 0.206 0.055 0.17

18 1 0.207 0.050 0.15

14 2 0.202 0.045 0.14

11 3 0.197 0.042 0.14

17 1 0.198 0.037 0.12

13 2 0.193 0.035 0.12

10 3 0.186 0.031 0.11

16 1 0.186 0.025 0.10

12 2 0.181 0.025 0.095

9 3 0.172 0.022 0.082

15 1 0.171 0.015 0.063

BLOSUM45 32767 32767 0.229 0.092 0.251

13 3 0.207 0.049 0.14

16 2 0.210 0.051 0.14

15 2 0.203 0.041 0.12

19 1 0.205 0.040 0.11

12 3 0.199 0.039 0.11

18 1 0.198 0.032 0.10

14 2 0.195 0.032 0.10

11 3 0.190 0.031 0.095

Matrix G E λ K H

This is the Title of the Book, eMatter Edition

Copyright © 2012 O’Reilly & Associates, Inc. All rights reserved.

304

|

Appendix C: NCBI-BLAST Scoring Schemes

13 2 0.185 0.024 0.084

17 1 0.189 0.024 0.078

10 3 0.179 0.023 0.075

16 1 0.176 0.016 0.063

12 2 0.171 0.016 0.061

PAM250 32767 32767 0.218 0.0877 0.287

15 3 0.205 0.049 0.13

17 2 0.204 0.047 0.12

14 3 0.200 0.043 0.12

21 1 0.204 0.045 0.11

16 2 0.198 0.038 0.11

20 1 0.199 0.037 0.10

13 3 0.194 0.036 0.10

15 2 0.191 0.031 0.087

12 3 0.186 0.029 0.085

19 1 0.192 0.029 0.083

14 2 0.182 0.024 0.073

18 1 0.183 0.021 0.070

11 3 0.174 0.020 0.070

13 2 0.171 0.017 0.059

17 1 0.171 0.014 0.052

PAM30 32767 32767 0.336 0.277 1.82

10 1 0.309 0.15 0.88

7 2 0.305 0.15 0.87

6 2 0.287 0.11 0.68

9 1 0.294 0.11 0.61

5 2 0.264 0.079 0.45

8 1 0.270 0.072 0.40

PAM70 32767 32767 0.328 0.222 1.11

8 2 0.301 0.12 0.54

11 1 0.305 0.12 0.52

7 2 0.286 0.093 0.43

10 1 0.291 0.91 0.41

6 2 0.264 0.064 0.29

9 1 0.270 0.060 0.28

Matrix G E λ K H