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前言
(
Google Cloud Platform
,
GCP
)。该工作栈提供端到端功能,其背后有健壮的用
户支持系统,能够保证为用户带来成功的学习和使用体验。
需说明的是,本书并非要面面俱到。不论工具的选择,还是基因组分析的科学研究
范围,都是如此。我们所使用的基因组学的操作性定义(
operational definition
)是
以变异发现(
variant discovery
)和与之密切相关的分析为中心,我们有意限制该定
义的范围。至于我们所介绍的基因组分析流程的每一步,往往存在一些替代工具,
而且有些工具的替代工具非常多,你完全可以用其替代我们所展示的这些工具。然
而,本书所讲主题和练习是我们精心设计的,它们所提供的模式和技巧,在很大程
度上是可迁移和扩展到其他工具和分析工作,以便最大化它们对于读者的长久价值,
因此你照本书学习即可。此外,我们还计划推出一系列配套博文和在线资料,展示
一些互补方法,它们则使用不同平台和技术,这部分内容详见本书配套
GitHub
仓库
(
https://oreil.ly/genomics-repo
)和网站(
https://oreil.ly/genomics-blog
)。
本书主要内容
在云上研究基因组,乍一听可能感到害怕,特别是你只熟悉其中一个领域,或两个
领域都不熟悉的话。但其实它并没有你想象的那么复杂。本书将带你一步步学习一
遍这项工作的所有重要内容。你将有机会利用
GATK
工具集分析基因组。我们选择
该工具集是因为它广受欢迎,而且其计算方法也很有意思。你将使用谷歌云平台提 ...