
230
|
第
8
章
home
目录(而不是像前几章那样进入下级目录)运行命令,为了使各命令中所用路
径简短,我们新建一个变量,指向工作流文件所在路径:
$ export WF=~/book/code/workflows
最后我们来讨论文本编辑器。下面练习除一个之外,你将直接查看和运行我们预先
写好的脚本。下载或克隆这些文件到你的笔记本电脑,并用你最喜欢的文本编辑器
打开,就可以查看它们。但有个练习,我们建议你修改一处
WDL
,中断其运行,
查看
Cromwell
所抛错误信息,并学着处理类似行为,因此你需要实际编辑该文件。
我们介绍如何用
shell
的内置文本编辑器
nano
编辑文件,该编辑器被认为是最适合
不熟悉命令行文本编辑器的用户。你要是喜欢,当然还可以用
vi
或
emacs
等
shell
编辑器,如选用其他编辑器,请相应调整我们所提供的命令。
为开发
WDL
选一款文本编辑器
读完本书,在学习和工作中,如要编写或编辑自己的
WDL
文件,你可能会发
现
shell
命令行文本编辑器功能太有限。不管你喜欢用
IntelliJ
这类功能齐全的
集成开发环境(
IDE
)应用,还是
Sublime
这类带
GUI
的文本编辑器,你都
可以从这个在线文档(
https://oreil.ly/JSNo1
)找到几款推荐应用,它们兼容
WDL
句法突出显示插件。请注意,每次你都需要将自己在本地机器上编辑过
的代码回传虚拟机,再试运行它们。或者,你可以在本地测试代码(
Cromwell
可以在你的台式机上运行),只有处理大规模任务,再上云。
WDL
开发还可以用第
4
章介绍的