云端基因组学

用工作流自动执行分析任务

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String

greeting = read_string(written_greeting)

command

{

echo "${original_greeting} to you too"

}

output

{

File

repeated_greeting = stdout()

}

read_string()

是

WDL

标准库的函数，它读入文本文件的内容，将其以一个字符串

形式返回。因此该任务的目的是将文件内容读到一个字符串变量，接着用该变量新

编一条问候语并输往标准输出。

明白这一点，

ReadItBackToMe

调用声明所跟的其他代码就很容易理解。我们调用

ReadItBackToMe

任务，并指定用

WriteGreeting

任务的输出结果作为输入文件来编

写新问候语。

最后，我们来看这个新版工作流我们尚未探讨的最后一块代码：

output

{

File

outfile = ReadItBackToMe.repeated_greeting

}

除了在任务层级定义的各个

output

块之外，该工作流还有一个在工作流层级定义的

output

块。如仅运行工作流自身，该

output

块可有可无，而且它更多是出于习惯

而非对功能的考虑。在工作流层级定义输出，我们传递的信息是我们最关心工作流

输出的哪一部分。这也就是说，你可以出于功能目的而使用

output

块；例如我们有

一工作流嵌入其他工作流，并且需将其输出传给其他调用，第

9

章我们将动手练习

这种工作流。我们现在尝试运行该工作流 ...