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Think Bayes ―プログラマのためのベイズ統計入門
book

Think Bayes ―プログラマのためのベイズ統計入門

by Allen B. Downey, 黒川 利明
September 2014
Intermediate to advanced
236 pages
4h 17m
Japanese
O'Reilly Japan, Inc.
Content preview from Think Bayes ―プログラマのためのベイズ統計入門

179
15
次元を扱う
15.1
 へそ細菌
へそ生物多様性
2.0
Belly Button Biodiversity 2.0
BBB2
)は、ヒトのおへそにいる
細菌の種類を探そうという全米市民科学プロジェクトである(
http://www.yourwildlife.
org/projects/belly-button-biodiversity/
1
。このプロジェクトは、滑稽に見えるかもしれ
ないが、ヒトのミクロビオーム(
microbiome
)、ヒトの皮膚や体の部位に棲息する微生
物群への関心の高まりを反映している。
BBB2
の研究者たちは、予備調査において、
60
人のボランティアのおへそから、綿
棒でスワッブを採取して、(
DNA
ポリメラーゼによる伸長反応を基本とした)多重ピロ
シーケンスを用いて、
16S rDNA
のシーケンス断片の抽出を行い、断片の種を識別同定
した。同定された断片は、「読まれた」(
read
)と呼ばれる。
このデータを使って、次のような関連質問に答えられる。
観察された種数に基づいて、この環境下での全種数を推定できるか。
各種について、占有率(
prevalence
)、すなわち、全体の個数のうちその種がどの
程度の割合か、を推定できるか。
追加のサンプル収集を計画しているとして、新種をいくつ見つけられると予測で
きるか。
観察された種の割合が事前に決められたしきい値に達するまで増えるには、どれ
だけの読みが必要か。
これらの質問は、未知種問題
Unseen Species pr ...
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ISBN: 9784873116945Other