バイオビルダー ―合成生物学をはじめよう

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いと思っている箇所以外のどこにも存在してはなりません。仮にその配列が存在

してはいけない箇所に存在していたとしたら、エンジニアはクローニングの残り

の工程を続ける前に「部位特異的変異導入」と呼ばれる手法を使って、それを変

更しなければならないのです。幸運にも、遺伝子コードの冗長性は、ほとんどの

場合、アミノ酸配列を変えることなく問題のある配列を変えることができるとい

うことを意味します。例えば、

DNA

配列で

TTC

が

TTT

に変えられた場合、

EcoRI

認識部位が変異されますが、その配列は依然としてアミノ酸のフェニルアラニン

［

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］

をコードしています。

トラブルシューティングと手法の変更

 生物システムの予測不能な振る舞いが主な原因で、細心の注意を払って計画さ

れたクローニングのプロトコルでさえ失敗することはありえます。例えば、制限

酵素、ヌクレアーゼ、

DNA

リガーゼなどの重要な酵素は、冷凍庫から出して長時

間放置してしまうと機能が停止するかもしれません。細胞は形質転換効率を失う

可能性があり、以前のクローニングステップがうまく機能したかどうか、エンジ

ニアが知ることさえも本質的に不可能となってしまいます。これらの問題のほと

んどは、企業に新しい酵素を注文するか、新しい細胞群を培養するかして比較的

容易に解決できますが、時間がかかり、後退することになってしまいます。他の

実験室の問題は、解決するのがもっと難しいかもしれません。時々、あるプライ

マー、または特定のクローニング手法がはっきりした理由もなく機能しないこと ...