バイオビルダー ―合成生物学をはじめよう

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を劇的にとげ、その操作された生物システムは大きな目標への中間地点であったとし

ても、私たちが探求し続けて学ぶことができるものとなっています。

デ バイスレベ ル の デ ザ イン

 システムを構築するため、チームは

2

つのデバイスを使うことに決

めました。それは図

8-7

に描かれている通り、光検出デバイスと発色

デバイスです。光検出デバイスで光の有無を検出し、適切な信号を

2

つ目のデバイスに送ろうとしました。シグナルの種類は、少なくと

も最初のうちは定義しませんでした。システムを

2

つのデバイスに

分けて抽象化したことによって、浮上したシステムの詳細と入手可

能なパーツにしたがい、チームはプロジェクトを改善させながら進めることができま

した。例えばチームは、光検出のデバイスを自然には備えていない大腸菌の中にシス

テムを構築しようとしたため、デザインに使う光をセンシングできるタンパク質の候

補を別の生物から特定する必要がありました。また、光検出デバイスと発色デバイス

間の伝達は、光センサーの種類とそれが生成できる信号に依存します。同様に、発色

デバイスで視覚的なアウトプットを出そうと

していましたが、その色や化合物を最初は定

義しませんでした。デバイスレベルで抽象的

に進めたことによって、チームはシステムの

特定の仕様にとらわれることなく、実験を開

始するにあたってたくさんのバリエーション

を検討することができました。この抽象度で

進めることによって、最も具体的な

DNA

配

列から最も一般的なシステムの機能までのす

べての側面を一度に計画するのとは対照的 ...