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バイオビルダー ―合成生物学をはじめよう
book

バイオビルダー ―合成生物学をはじめよう

by Natalie Kuldell, Rachel Bernstein, Karen Ingram, Kathryn M. Hart, 津田 和俊, 片野 晃輔, 西原 由実, 濱田 格雄
November 2018
Beginner to intermediate
260 pages
5h 10m
Japanese
O'Reilly Japan, Inc.
Content preview from バイオビルダー ―合成生物学をはじめよう
140
バイオビ ルダ
7
iTune Device
実験演習
BioBuilder
iTune Device
実験演習では、β
-gal
の活性が間接的ではあるものの各
回路のパフォーマンスを良く反映しているので、測定の対象となります。β
-gal
の活
性は、
ONPG
と呼ばれる基質を使って測定されます。
ONPG
は、無色の化合物で、化
学的にはラクトースに似たものです。β
-gal
は、ラクトースを通常切断するのと同様
に、
ONPG
も切断します。
ONPG
と反応してできる産物は、黄色い化合物の
o-
ニトロ
フェノールと無色の産物のガラクトースです。黄色い化合物は視覚的シグナルとして、
それぞれの回路によって発現されたβ
-gal
の量を計算することができるだけの強度を
与えてくれます。
 異なるグループによって集められたデータを比較するため、プロモーター:
RBS
lacZ
配列の「リファレンス」
(参照)
を使います。このリファレンスは、中間的な量の
酵素を生成することが知られています。あなたはそれを使って、他のすべての測定を
較正することができます。例えば、もしあなたがリファレンススタンダード
(参照標準)
1,000
ユニットの活性と測定し、別のチームがそれと同じリファレンスを
500
ユニッ
トと測定したとすると、手法あるいはユニットの計算の変動がその差異の原因となっ
ているのかもしれません。しかし、あなたの測定と彼らの測定が、すべて同じ
2
倍の
差であるはずなので、その差が考慮された後にデータは比較することができます。
 リファレンスは、特定のポジティブコントロールとして考えることができます。私
たちは、このリファレンスサンプルがβ
-gal
を生成し、ひいては基質の切断に伴って
黄色に発色することを想定しています。この実験を行っているみなさんは、ポジティ ...
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